如果在单独运行用例时可以成功运行，但在使用命令行工具（如minitest）来运行时被忽略，可能是以下几个原因导致的：
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配置文件不正确：请确保config.json和suite.json文件的路径和内容正确。可能是由于文件路径错误或文件中的配置有误导致的。你可以仔细检查这些文件是否正确，并尝试手动运行相同的测试用例，以确保配置文件正常。
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测试用例被标记为忽略：在suite.json文件中，可能有某些测试用例被标记为忽略（ignored）或被跳过。你可以检查suite.json文件中的测试用例配置，确保没有设置ignore属性，或者尝试移除所有的ignore属性，以便让所有测试用例都被执行。
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测试用例匹配规则不正确：在suite.json文件中，你可能设置了一些测试用例的匹配规则（如通配符或正则表达式），以确定哪些测试用例应该被运行。请确保这些规则正确，并且匹配到了你想要运行的测试用例。
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minitest使用的版本问题：如果你说的minitest是指特定的测试框架或工具，请确保你使用的是最新版本，并检查其文档或帮助文档，了解是否有关于测试用例忽略的特殊配置或用法。
如果以上解决方法都没有解决问题，建议检查minitest的日志，以获得更详细的错误信息。你还可以尝试搜索minitest的官方文档、社区论坛或GitHub仓库，看是否有其他人遇到过类似的问题，并找到解决方法。如果问题仍未解决，建议与minitest的开发者或社区寻求进一步的帮助和支持。